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苏建忠

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苏建忠,研究员,博士生导师

温州医科大学生物医学大数据研究所所长

温眼视光学院、附属眼视光医院和生物医学工程学院

网站:www.su-lab.org。电子邮箱:sujz@wmu.edu.cn

个人简介:

哈尔滨工业大学计算生物学博士, 中国科学院大学温州研究院特聘研究员,国家“四青人才”,浙江省“杰出青年基金”获得者。主持国家自然科学面上项目、国家自然科学重点基金子课题等科研课题。开发在线算法工具和数据库8个,发表高水平SCI论文40余篇(累计影响因子300余点)。其中第一或通讯作者在Nature GeneticsBloodNature CommunicationsGenome BiologyNucleic Acids ResearchBioinformatics等国际高水平期刊发表研究论文12篇,H指数21。获省部级科研奖项2项。

研究方向:

1)癌症表观遗传机制与液体活检分子标志物鉴定算法开发

2)单细胞的转录谱和DNA甲基化谱的分析功能解析算法研究

3)高度近视的遗传诊断和深度机器学习算法研究

十篇近期代表性论文(* 共同一座,#第一作者)

1. Yu F*, Li  K*, Li S*, Liu J,  Zhang Y,  Zhou M,  Zhao H, Chen H, Wu N, Liu Z#Su J#: CFEA: a cell-free epigenome atlas in human diseases. Nucleic Acids Research 2020, 48 (D1), D40-D44. (中科院一区)

2. Zhang X*#, Wang X*, Wang X, Su J#, Putluri N, Zhou T, Qu Y, Jeong M, Guzman A, Rosas C, Huang Y, Sreekumar A, Li W, Goodell MA: Dnmt3a loss and Idh2 neomorphic mutations mutually potentiate malignant hematopoiesisBlood 2020, 135 (11): 845–856. (中科院一区,封面)

3. Zhang Y*, Zhang Y*, Hu J*, Zhang J1, Guo F, Zhou M, Zhang G#, Yu  F#, Su J#,  scTPA: A web tool for single-cell transcriptome analysis of pathway activation signatures. Bioinformatics 2020. Accepts(中科院一区)

4. Zhou M*, Zhao H*, Wang X, Sun J#Su J#Analysis of long noncoding RNAs highlights region-specific altered expression patterns and diagnostic roles in Alzheimer's diseaseBriefings in Bioinformatics 2019, 20(2): 598-608. (中科院一区)

6. Su J*#, Huang Y*, Cui X, Zhang X, Wang X, Xin Y, Lin Xue, Chen K, Lv J, Xu J, Goodell MA# and Li W#: Homebox oncogene activation by pan-cancer DNA hypermethylation. Genome Biology 2018, 19:108. (中科院一区)

7.Huang Y*, Su J*, Lei Y, Brunetti L, Gundry MC, Zhang X, Jeong M, Li W#, Goodell MA#: DNA epigenome editing using CRISPR-Cas SunTag-directed DNMT3A. Genome Biology 201716 :176. (中科院一区)

8. Lei Y*, Zhang X*Su J*, Jeong M, Gundry MC, Huang YH, Zhou Y, Li W#, Goodell MA#: Targeted DNA methylation in vivo using an engineered dCas9-MQ1 fusion protein. Nature Communications 8 2017, 16026. (中科院一区)

9. Zhang X*, Su J* , Jeong M*, Ko M, Huang Y, Park HJ, Guzman A, Lei Y, Huang YH, Rao A, Li W#, Goodell MA#: DNMT3A and TET2 compete and cooperate to repress lineage-specific transcription factors in hematopoietic stem cells. Nature Genetics 2016, 48(9): 1014–1023. (中科院一区)

10. Su J*, Yan H*, Wei Y, Liu H, Wang F, Lv J, Wu Q#, Zhang Y#: CpG_MPs: identification of CpG methylation patterns of genomic regions from high-throughput bisulfite sequencing data. Nucleic Acids Research 2013, 41(1):e4. (中科院一区

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